A partir de 1996 se instrumenta el Programa Alianza para el Campo, cuyos objetivos Generales consisten  en aumentar progresivamente el Ingreso Económico de los Productores, incrementar la producción agropecuaria a una tasa mayor que el crecimiento demográfico, producir suficientes alimentos básicos para la población y fomentar las exportaciones de los productos del campo. En este sentido se celebraron convenios de Coordinación entre el Ejecutivo Federal y el Gobierno de cada entidad, para establecer los Programas   de la Alianza para el campo con la participación de los Productores Agropecuarios. En dichos convenios se considera el Programa de Sanidad Vegetal.

El cual tiene por objeto “Prevenir la entrada de plagas y controlar las existentes en todo el territorio nacional a través de la ejecución de campañas fitosanitarias”, mismas que son operadas por los Organismos Auxiliares de Sanidad Vegetal, a través de los Comités Estatales de Sanidad Vegetal el cual supervisa y asesora a estos Organismos de Sanidad, bajo las directrices de la Dirección Vegetal de Sanidad Vegetal, y en Coordinación con las Delegaciones de la SAGARPA y Gobiernos Estatales.